La diagnosi differenziale, nelle forme di ernia diaframmatica sinistra, va posta con la forma cistica della malformazione adenomatoide cistica del polmone (MACP tipo I) dove lo stomaco potrebbe essere scambiato per la cisti della MACP, con i tumori del polmone e con la destrocardia (nell'ernia diaframmatica il cuore, anche se dislocato a destra, mostra l'apice a sinistra). Per le forme destre, dove il lobo epatico di destra può migrare nel torace, la diagnosi differenziale può essere posta con la forma solida di malformazione adenomatoide cistica del polmone (MACP tipo III) e con il sequestro polmonare: in questi casi le lesioni hanno una maggiore ecogenicità del parenchima epatico; inoltre al color doppler è possibile individuare le vene sovraepatiche e, in caso di sequestro polmonare, è presente il vaso afferente originato direttamente dall'aorta addominale o toracica.
Possono associarsi anomalie strutturali o cromosomiche: le anomalie più frequentemente associate sono, nel 30% dei casi, a carico del sistema nervoso centrale, nel 20% cardiache; alterazioni renali, vertebrali, polmonari, facciali, cromosomiche (incluso la trisomia 18 e 21) si riscontrano in circa il 25% dei casi di ernia diaframmatica.